口舌生疮的原因有多种。一般来说，约60%的口舌生疮与缺乏维生素有关，尤其是维生素B2、B6缺乏时较易出现。
一、营养缺乏因素
维生素缺乏：当人体缺乏维生素B2时，会影响黏膜的正常代谢，容易引发口舌生疮。比如长期挑食、偏食的人，很可能摄入维生素不足，从而增加口舌生疮的几率。还有维生素B6缺乏也可能导致口舌部位出现溃疡等生疮情况。微量元素缺乏：像锌元素缺乏时，会影响细胞的正常分裂和修复等过程，也容易使得口舌部位容易生疮。例如一些节食减肥的人，饮食不均衡，就可能出现锌元素缺乏进而引发口舌生疮。
二、口腔局部刺激因素
创伤性因素：刷牙时用力过猛，或者吃了比较坚硬、粗糙的食物，如坚果、脆骨等，容易划伤口腔黏膜，从而导致口舌生疮。比如不小心咬到口腔内侧黏膜，就可能形成创伤性的溃疡，表现为口舌生疮。口腔卫生不良：不注意口腔清洁，食物残渣容易在口腔内滋生细菌，长期这样就会刺激口舌部位，引发炎症，出现口舌生疮的情况。例如晚上睡觉前不刷牙，口腔内的细菌大量繁殖，就可能导致口舌生疮。
三、全身性疾病因素
消化系统疾病：患有胃溃疡、十二指肠溃疡、胃炎等消化系统疾病时，会影响营养物质的吸收，进而可能引发口舌生疮。比如胃溃疡患者，因为消化功能受到影响，营养吸收不好，就容易出现口舌生疮的症状。免疫系统疾病：像白塞病等免疫系统疾病，会影响口腔黏膜的正常状态，导致口舌部位反复出现生疮的情况。白塞病患者除了口舌生疮外，还可能伴有眼部、生殖器等部位的病变。内分泌紊乱：在女性月经前后，由于体内激素水平的变化，容易出现内分泌紊乱，从而引发口舌生疮。比如有些女性在月经前期会明显感觉到口舌部位容易长疮。