多囊卵巢综合征的病因目前尚未完全明确，可能与遗传因素、内分泌因素以及生活方式等多方面有关。有研究表明，遗传因素在多囊卵巢综合征的发病中起到重要作用，大约60% - 70%的患者存在遗传易感性。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么其后代患病的风险会相对较高。例如，母亲患有多囊卵巢综合征，女儿发生多囊卵巢综合征的概率比正常人群要高出很多。基因层面影响： 一些特定的基因变异可能与多囊卵巢综合征的发病相关，这些基因参与了激素的合成、代谢以及卵巢的功能调节等过程，从而增加了患多囊卵巢综合征的可能性。
内分泌因素方面
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节紊乱： 正常情况下，下丘脑分泌促性腺激素释放激素，刺激垂体分泌促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH），来调节卵巢的功能。而在多囊卵巢综合征患者中，往往存在LH分泌过多，FSH相对不足的情况，这会导致卵巢内卵泡发育异常，不能正常排卵，进而引起一系列激素水平的改变，如雄激素水平升高、胰岛素抵抗等。胰岛素抵抗： 约50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗会使机体代偿性分泌更多的胰岛素，导致高胰岛素血症，而高胰岛素血症又会刺激卵巢分泌更多的雄激素，进一步加重多囊卵巢的病理状态。
生活方式方面
饮食不均衡： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会导致体重增加，而肥胖是多囊卵巢综合征的一个重要危险因素。肥胖会影响激素的代谢和分泌，加重内分泌紊乱。例如，长期大量摄入油炸食品、甜食等，容易引发肥胖，从而增加患多囊卵巢综合征的风险。缺乏运动： 缺乏体育锻炼也与多囊卵巢综合征的发生有关。运动不足会导致身体代谢减慢，脂肪堆积，同时也会影响内分泌系统的正常功能，使得激素平衡被打破，增加患病几率。比如，长期久坐不运动的人群，相比经常运动的人，更容易出现多囊卵巢综合征的相关症状。