肠炎通常是由多种因素引起的，比如感染因素中，约1/3的肠炎是由病毒感染导致的，像轮状病毒就常引发婴幼儿肠炎。
感染因素：
细菌感染： 常见的有大肠杆菌、沙门氏菌等。例如，食用被大肠杆菌污染的食物后，细菌会侵袭肠道黏膜，引发炎症反应，出现腹痛、腹泻等症状。一些人食用了不新鲜的凉拌菜，就可能因里面的大肠杆菌而患上肠炎。病毒感染： 除了轮状病毒外，诺如病毒也是常见的引发肠炎的病毒。诺如病毒具有很强的传染性，常在学校、医院等人群密集场所引起暴发流行，感染后患者会出现恶心、呕吐、腹泻等症状，一般病程在2 - 3天，但也可能持续更长时间。寄生虫感染： 比如阿米巴原虫、贾第虫等感染肠道后，会破坏肠道黏膜，导致肠炎发生。在卫生条件较差的地区，感染阿米巴原虫引发肠炎的情况相对较多。
饮食因素：
不洁饮食： 吃了变质、被细菌或毒素污染的食物，像发霉的面包、过期的牛奶等，都容易引发肠炎。有些人吃了街边不卫生的小吃后，就可能因为食物不洁而患上肠炎，出现腹泻、腹痛等症状。食物过敏： 个别人群对某些食物过敏，比如对牛奶中的蛋白质过敏，食用牛奶后就会出现肠道的过敏反应，表现为肠炎症状，如腹泻、腹痛、皮疹等。
自身免疫因素：
炎症性肠病： 像克罗恩病和溃疡性结肠炎就属于自身免疫性肠炎。这类疾病是由于自身免疫系统错误地攻击肠道组织，导致肠道持续发炎。克罗恩病可累及肠道的任何部位，从口腔到肛门都可能出现病变；溃疡性结肠炎主要累及直肠和结肠，患者会出现反复发作的腹泻、黏液脓血便、腹痛等症状，病情容易迁延不愈，需要长期治疗和监测。其他自身免疫疾病相关肠炎： 一些自身免疫性疾病，如类风湿关节炎等，也可能伴随肠道的炎症表现，引发肠炎，但相对来说比较少见。