肠道菌群失调症的症状表现多样。一般来说，患者可能会出现消化功能方面的症状，比如约30% - 50%的患者会有腹胀、腹痛的情况，腹痛多为隐痛或胀痛，部位不固定。
消化系统症状
腹泻： 这是较为常见的症状之一，每天排便次数可能会增多，有的患者一天会腹泻3 - 5次，甚至更多，粪便多为稀水样，有时候还可能带有不消化的食物残渣。便秘： 部分患者会出现便秘的情况，排便困难，间隔时间延长，粪便干结。
全身症状
疲劳乏力： 患者可能会感觉全身没有力气，精神状态差，即使经过休息也难以缓解，这种情况可能会持续较长时间，影响日常生活和工作。低热： 少数患者会出现低热的情况，体温一般在37.5℃ - 38℃左右，但是很少会超过38℃，而且经过一般的退热治疗效果不明显。
其他症状
情绪改变： 有的患者可能会出现情绪方面的变化，比如容易焦虑、抑郁等，这可能与肠道菌群失调影响了神经递质的代谢有关。例如，肠道中的某些菌群能够参与5 - 羟色胺等神经递质的合成，菌群失调可能导致神经递质水平异常，进而影响情绪。皮肤问题： 部分患者可能会出现皮肤问题，像皮肤瘙痒、痤疮等。因为肠道菌群失调可能会影响身体的免疫功能和代谢，从而反映到皮肤上。比如，肠道菌群产生的一些物质可能会通过血液循环影响皮肤的状态。