肠道菌群失调可能出现多种症状。一般来说，肠道菌群失调常见的症状有消化系统方面的表现，比如约30%的患者会出现腹胀，进食少量食物就感觉腹部胀满不适；还可能有腹泻或便秘的情况，腹泻时每天排便次数可能达到3~5次甚至更多，粪便性状较稀；便秘时则可能几天才排便一次，排便困难。
消化系统症状表现
腹胀： 肠道菌群失调会影响肠道正常的消化和气体代谢，导致气体在肠道内积聚，从而引起腹胀，尤其在进食后这种腹胀感可能会更明显。腹泻： 当有益菌数量减少，有害菌等异常增多时，肠道的正常吸收和分泌功能被打乱，可能出现腹泻，粪便多为稀水样便，可能还伴有未消化的食物残渣。
全身症状体现
乏力： 肠道菌群失调影响营养物质的吸收，身体得不到充足的营养供应，就容易出现乏力的感觉，患者会觉得浑身没劲儿，做一点事情就容易疲劳。免疫力下降： 肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群失调会使肠道免疫功能受影响，进而导致整体免疫力下降，更容易受到细菌、病毒等病原体的侵袭，比如会比平时更容易感冒、生病等。
其他相关症状情况
情绪变化： 有研究发现，肠道菌群与大脑之间存在双向调节的“脑 - 肠轴”，肠道菌群失调可能会影响神经递质的合成和分泌，从而导致情绪方面的变化，比如出现焦虑、抑郁等情绪波动，不过这种情况相对比较复杂，个体差异也较大。皮肤问题： 部分肠道菌群失调的人可能会出现皮肤问题，如痤疮等，这是因为肠道菌群失调影响了身体的代谢和内分泌等功能，进而反映到皮肤上。