药物流产后判断是否干净可以通过观察症状、进行超声检查等方法。一般来说，药物流产后可通过以下几方面来判断是否干净。
通过症状初步判断
阴道出血情况： 药物流产后正常出血时间通常在7~10天左右，且出血量会逐渐减少。如果出血时间超过2周仍淋漓不尽，甚至出血量多于月经量，那么药物流产不全的可能性较大。比如正常情况下，第一天出血量可能和月经量相似，但之后会慢慢减少，要是超过两周还不停，就得留意。腹痛情况： 药物流产后一般会有轻微腹痛，持续时间较短。但如果出现持续剧烈腹痛，也可能提示宫腔内有残留组织，影响子宫收缩，从而导致腹痛加剧。
超声检查明确诊断
检查时间： 通常建议在药物流产后1~2周去医院进行超声检查。这时候通过B超可以清晰看到宫腔内的情况。比如在怀孕49天内进行药物流产，一般10~14天后做B超比较合适。超声表现： 如果超声显示宫腔内有不均质回声团，就提示可能有残留组织。残留组织可能是胚胎组织的残留，也可能是血块残留等情况。通过超声检查能比较准确地判断宫腔内是否有妊娠组织残留，从而确定药物流产是否干净。
血HCG检测辅助判断
检测时间： 在药物流产后，还可以通过检测血HCG（人绒毛膜促性腺激素）水平来辅助判断。一般药物流产后，血HCG会逐渐下降，正常情况下，大约2~3周会降至正常范围。如果血HCG下降不明显，甚至持续在较高水平，也提示可能存在流产不全的情况。比如药物流产后10天左右，正常血HCG应该开始明显下降，如果还是很高，就要考虑残留的可能。