黄体功能不全通常是多种因素共同作用导致的。一般来说，内分泌失调是引发黄体功能不全的重要原因之一，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能紊乱，会影响黄体的正常发育和功能。另外，一些全身性疾病也可能与之相关，像甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都可能干扰黄体的正常生理过程。还有子宫内膜异位症等妇科疾病，也会对黄体功能产生不良影响。
内分泌因素影响
下丘脑 - 垂体功能异常： 如果下丘脑分泌的促性腺激素释放激素失衡，或者垂体分泌的促黄体生成素等激素水平不正常，就会影响黄体的形成和功能。比如垂体分泌的促黄体生成素脉冲式分泌异常，就可能导致黄体发育不全。卵巢自身问题： 卵巢中的卵泡发育不良，会使得排卵后形成的黄体功能也受到影响。例如卵泡期过长，卵泡发育迟缓，那么排卵后形成的黄体质量就可能不佳，进而出现黄体功能不全的情况。
全身性疾病关联
甲状腺疾病影响： 甲状腺功能亢进时，甲状腺激素水平升高会干扰内分泌系统的平衡，影响黄体的正常功能；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，也会对下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴产生不良作用，导致黄体功能不全。据研究，约有一定比例的甲状腺疾病患者会合并黄体功能不全的情况。其他全身性疾病： 像高泌乳素血症等疾病，也会影响黄体生成素的分泌，从而引发黄体功能不全。高泌乳素血症患者体内泌乳素水平升高，会抑制促黄体生成素的分泌，影响黄体的正常发育。
妇科疾病相关
子宫内膜异位症作用： 子宫内膜异位症患者体内的免疫系统会出现异常，炎症介质增多，这些因素会影响黄体期的子宫内膜容受性，同时也会干扰黄体的分泌功能。子宫内膜异位症患者中黄体功能不全的发生率相对较高。其他妇科炎症： 盆腔炎等妇科炎症也可能波及黄体区域，影响黄体的血液供应和激素分泌。炎症导致局部组织充血、水肿，会影响黄体细胞的正常功能，进而引发黄体功能不全。