黄体功能不全可能由多种因素引起。一般来说，内分泌失调是常见原因之一，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能紊乱，可能导致卵泡发育不良，进而影响黄体功能，有研究发现约30% - 40%的黄体功能不全与内分泌调节异常相关。
内分泌相关因素
下丘脑 - 垂体功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）和垂体分泌的促黄体生成素（LH）、促卵泡生成素（FSH）等激素失衡，会影响卵泡的正常发育和黄体的形成。例如，当垂体分泌的LH脉冲式分泌异常时，就可能无法促使黄体正常发育。卵巢因素： 卵巢本身的问题也会导致黄体功能不全。比如卵泡发育不良，卵泡中的颗粒细胞数量不足或质量不佳，就会影响黄体的形成和功能。还有卵巢存在某些病变，如多囊卵巢综合征，患者体内雄激素水平升高，会干扰正常的排卵和黄体生成过程。
全身性疾病影响
甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退或亢进都会影响黄体功能。甲状腺功能减退时，机体代谢率降低，会影响激素的合成和调节，可能导致黄体期缩短；而甲状腺功能亢进时，激素水平的紊乱也会波及黄体相关的内分泌调节，使黄体功能受到影响。有数据显示，约15% - 20%的黄体功能不全患者存在甲状腺功能异常的情况。高泌乳素血症： 血液中泌乳素水平过高，会抑制促性腺激素的分泌，进而影响卵巢的排卵和黄体功能。当泌乳素水平超过正常范围时，就可能干扰黄体的正常发育和维持。
其他潜在因素
生活方式影响： 长期的精神压力过大、过度劳累等不良生活方式也可能与黄体功能不全有关。精神压力会通过神经内分泌系统影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴，导致激素分泌紊乱，从而影响黄体功能。例如，长期处于高强度工作压力下的女性，黄体功能不全的发生率可能会有所增加。遗传因素： 某些遗传因素也可能在黄体功能不全的发生中起到一定作用。如果家族中有相关的内分泌疾病遗传史，那么个体患黄体功能不全的风险可能会相对较高，但具体的遗传机制还在进一步研究中。