毛囊炎的治疗药物需根据病情轻重等选择，一般轻度毛囊炎可外用药物，中重度可能需结合口服药物。
外用药物治疗
局部抗菌药膏： 像莫匹罗星软膏就挺常用，它能抑制细菌生长，帮助减轻毛囊炎的炎症。还有夫西地酸乳膏，对多种引起毛囊炎的细菌有抑制作用。过氧化苯甲酰凝胶： 它可以缓慢释放出新生态氧和苯甲酸，有杀灭痤疮丙酸杆菌、抗炎的作用，对毛囊炎也有一定疗效。
口服药物治疗情况
抗生素类口服药： 如果毛囊炎比较严重，可能需要口服抗生素。比如头孢类抗生素，像头孢呋辛酯，能通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥抗菌作用，从而改善毛囊炎症状。还有四环素类药物，如多西环素，能抑制细菌蛋白质合成，对毛囊炎有治疗效果，但要注意8岁以下儿童一般不建议使用四环素类药物。
针对特殊情况的药物选择
真菌性毛囊炎用药： 要是由真菌感染引起的毛囊炎，就需要使用抗真菌药物。例如伊曲康唑，它可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用，但孕妇、哺乳期妇女以及有严重肝脏疾病的人要慎用。还有氟康唑，也能通过干扰真菌细胞色素P450的活性，抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成来抗真菌，不过同样有一些禁忌人群需要注意。