儿童矮小症的成因较为复杂，常见原因包括遗传因素，若父母身高偏矮，儿童遗传矮小的概率会增加；内分泌因素也较为关键，比如生长激素缺乏或分泌异常，约有30%左右的矮小症儿童是因生长激素缺乏导致；还有染色体异常，像特纳综合征等染色体疾病会引发矮小，这类患儿在新生儿中的发生率约为1/2500 - 1/5000。
遗传因素导致
家族遗传倾向： 如果父母双方或者一方身材矮小，儿童遗传矮小的可能性相对较高。这种遗传因素导致的矮小，一般儿童的出生身长和体重通常是正常的，只是生长速度会低于正常儿童。比如父母身高都低于160厘米，孩子出现矮小的几率就会比正常身高父母的孩子高很多。基因缺陷影响： 某些特定的基因缺陷会直接影响儿童的生长发育，从而导致矮小症。目前已经发现多种与生长发育相关的基因发生突变时，可能引发矮小情况，但具体的基因机制较为复杂，需要通过专业的基因检测来明确。
内分泌因素影响
生长激素缺乏： 生长激素是促进儿童生长的重要激素，由垂体分泌。如果垂体分泌生长激素不足，就会导致儿童生长缓慢，身高明显低于同龄人。据统计，因生长激素缺乏引起的矮小症约占所有矮小症的30%左右。这种情况需要通过生长激素激发试验等检查来确诊。甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的甲状腺激素对儿童的生长发育也起着关键作用。当儿童甲状腺功能减退时，会出现生长迟缓、智力发育也可能受影响等症状。甲状腺功能减退导致的矮小症，通过检测甲状腺激素水平可以明确诊断，及时补充甲状腺激素后，生长速度可能会有所改善。
其他因素相关
慢性疾病影响： 一些慢性疾病也会影响儿童的生长，比如先天性心脏病、慢性肾病、哮喘等。像慢性肾病患儿，由于疾病影响机体的代谢、营养吸收等，会导致生长发育受限。这类儿童除了身材矮小外，往往还会伴有原发疾病的相关症状，需要积极治疗原发疾病来改善生长状况。营养不良所致： 长期营养不良会使儿童缺乏生长所需的蛋白质、能量、维生素和矿物质等营养物质，从而影响身高增长。比如饮食中蛋白质摄入不足，会影响身体的生长发育。儿童如果挑食、偏食，长期饮食结构不合理，就容易出现营养不良性矮小。保证充足均衡的营养摄入，对于儿童正常生长至关重要。