多囊卵巢综合征的发病原因目前尚未完全明确，但有一些主要因素相关。一般认为，可能有5% - 10%的多囊卵巢综合征患者存在遗传因素，比如家族中有亲属患多囊卵巢综合征，那么后代发病风险会相对增高。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中母亲、姐妹等女性亲属患有多囊卵巢综合征，那么自身患病风险比普通人群要高。研究发现，遗传因素在多囊卵巢综合征的发病中起到一定作用，可能是多个基因共同作用的结果。比如某些与激素调节、代谢相关的基因发生突变或存在异常表达，就可能增加患多囊卵巢综合征的几率。
内分泌失调因素
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）和垂体分泌的促性腺激素（如促卵泡生成素FSH、促黄体生成素LH）之间的平衡失调是关键。正常情况下，FSH和LH维持着相对稳定的比例来调节卵巢的功能。但在多囊卵巢综合征患者中，往往出现LH水平升高，FSH水平相对偏低，LH/FSH比值升高，这会导致卵巢内卵泡发育异常，不能正常排卵，进而引起一系列内分泌紊乱的表现，像雄激素水平升高、雌激素相对紊乱等。胰岛素抵抗因素： 约50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗是指机体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，形成高胰岛素血症。高胰岛素血症又会刺激卵巢分泌更多的雄激素，进一步加重多囊卵巢综合征的症状，如多毛、痤疮等，同时还会影响糖代谢和脂代谢，增加患糖尿病、心血管疾病的风险。
生活方式因素
饮食不均衡： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会导致体重增加，而肥胖是多囊卵巢综合征的重要危险因素之一。比如经常吃油炸食品、甜品、大量饮用含糖饮料等，会使身体摄入过多热量，容易引发肥胖，进而影响内分泌和代谢功能，增加多囊卵巢综合征的发病几率。缺乏运动： 运动量过少也是一个重要因素。长期缺乏体育锻炼，身体的代谢率会降低，脂肪容易堆积，同样会影响激素的正常调节。研究表明，坚持适度运动可以改善胰岛素抵抗，调节内分泌，降低多囊卵巢综合征的发病风险。如果长期久坐、很少进行体育活动，就可能增加患病的可能性。