肠上皮化生有一定的可逆性，部分轻中度肠上皮化生有可能治好，但具体情况因人而异。一般来说，通过积极治疗和改善生活方式等，有一定的恢复可能，但不能保证所有肠上皮化生都能完全治好。
病因与病情轻重影响恢复
不同病因影响： 若肠上皮化生是由幽门螺杆菌感染引起，积极根除幽门螺杆菌后，部分患者肠上皮化生有逆转的可能。但如果是其他因素长期刺激导致，比如长期不良的饮食习惯、胆道疾病等引起的肠上皮化生，恢复相对复杂些。病情轻重差异： 轻度的肠上皮化生相对来说恢复的几率可能相对大一些，而中重度的肠上皮化生完全逆转的难度会增加，但也不是绝对不能改善。一般轻度肠上皮化生通过规范治疗和调整生活方式，有可能实现逆转；中重度的可能需要更密切的监测和综合干预。
治疗方式及作用
药物治疗方面： 如果存在幽门螺杆菌感染，会采用含铋剂的四联疗法，即一种质子泵抑制剂（如奥美拉唑）+两种抗生素（如阿莫西林、克拉霉素）+一种铋剂（如枸橼酸铋钾），根除幽门螺杆菌后，可能对肠上皮化生的改善有帮助。还有一些保护胃黏膜的药物，像铝碳酸镁等，也可以在一定程度上保护胃黏膜，利于胃黏膜的修复，但具体效果因个体病情而异。手术干预情况： 一般来说，单纯的肠上皮化生并不首先考虑手术治疗，只有在出现严重不典型增生等情况时，可能会根据病情需要考虑手术切除病变组织，但这是比较极端的情况。
生活方式对恢复的影响
饮食调整很关键： 要避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，像辣椒、油炸食品等尽量少吃。多吃新鲜的蔬菜、水果，保证饮食规律，定时定量进餐。比如每天可以保证摄入500克左右的蔬菜，其中绿叶蔬菜占一半以上，水果也可以吃200 - 300克左右。戒烟限酒： 吸烟和过量饮酒会加重对胃黏膜的刺激，不利于肠上皮化生的恢复，所以患者需要戒烟，尽量少饮酒或者不饮酒。一般建议吸烟者尽快戒烟，饮酒者最好能做到戒酒。保持良好心态： 长期精神紧张、焦虑等不良情绪也可能影响胃黏膜的修复，所以要保持心情舒畅，避免长期处于紧张、焦虑的状态，可以通过适当运动、听音乐等方式来调节情绪。比如每天可以进行30分钟左右的散步等有氧运动。