新生儿黄疸是新生儿期常见的现象，约60%足月儿和80%早产儿在出生后会出现黄疸。这主要与新生儿自身的生理特点有关。
胆红素生成过多
红细胞寿命短： 新生儿的红细胞寿命相对较短，约为70~90天，而成人红细胞寿命是120天左右，所以新生儿红细胞更新快，产生胆红素的量就多。例如，正常成人每天每公斤体重产生胆红素约0.5mg，而新生儿每天每公斤体重产生胆红素约8.8mg，明显高于成人。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶的含量比成人高，这种酶能促进血红素分解为胆红素，使得胆红素生成增加。
肝脏处理胆红素能力不足
肝细胞摄取胆红素能力差： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量较低，这两种蛋白是负责摄取胆红素的，所以新生儿摄取胆红素的能力较弱。一般出生后5~10天才达到成人水平。肝细胞结合胆红素功能不完善： 新生儿肝脏中尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）的量及活性不足，不能将未结合胆红素充分结合转化为结合胆红素。这种酶要到出生后1周左右才逐渐成熟，活性才逐渐增加。
肠肝循环特点
肠道菌群未完全建立： 新生儿出生时肠道内菌群稀少，肠道中能将结合胆红素还原成尿胆原、粪胆原的细菌较少。结合胆红素在肠道中被重吸收的量就相对较多，从而增加了肠肝循环中胆红素的量，导致黄疸加重。例如，正常情况下肠道菌群能帮助处理一部分胆红素，而新生儿肠道菌群未完善，就影响了胆红素的代谢过程。