肠胃功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物，比如多潘立酮、莫沙必利等。一般来说，根据不同情况用药有差异。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，适用于消化不良引起的肠胃功能紊乱。莫沙必利： 可刺激肠道胆碱能神经元，促进乙酰胆碱释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、胃食管反流病等导致的肠胃功能紊乱。
调节消化酶类药物
复方消化酶胶囊： 含有多种消化酶，如胰蛋白酶、胰淀粉酶、胰脂肪酶等，能促进食物消化，改善因消化酶缺乏引起的肠胃功能紊乱，帮助消化蛋白质、脂肪和碳水化合物。乳酶生： 是活肠球菌的干燥制剂，能在肠道内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，调节肠胃功能，常用于消化不良、肠胀气等肠胃功能紊乱情况。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 包含双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可补充肠道有益菌群，调整肠道菌群失调，改善肠胃功能紊乱引起的腹泻、便秘等症状。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以地衣芽孢杆菌为主要成分，进入肠道后对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠胃功能。