胃肠功能紊乱的治疗药物需根据具体症状来选，一般常用调节胃肠动力、调节肠道菌群等药物。比如促胃肠动力药多潘立酮，能促进胃肠蠕动，一般可缓解腹胀等症状；而调节肠道菌群的药物如双歧杆菌四联活菌片，可调节肠道菌群平衡。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能直接作用于胃肠壁，增加食道下部括约肌张力，防止胃-食道反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，一般可缓解腹胀、早饱、恶心、呕吐等症状。莫沙必利： 选择性激动5-羟色胺4（5-HT4）受体，促进乙酰胆碱释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，但不影响胃酸分泌。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可直接补充正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制肠道中对人体具有潜在危害的菌类甚至病原菌。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌具有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠道功能。
缓解腹痛类药物
匹维溴铵： 是一种对胃肠道具有高度选择性解痉作用的钙拮抗药，通过抑制钙离子流入肠道平滑肌细胞发挥作用，主要用于与肠道功能紊乱有关的疼痛、排便异常和胃肠不适，以及与胆道功能紊乱有关的疼痛。曲美布汀： 可调节胃肠道运动，对胃肠道平滑肌有双向调节作用，既能抑制运动亢进肌群的运动，又能增强运动功能低下肌群的运动，还能调节胃肠道平滑肌收缩，改善胃肠运动功能紊乱引起的食欲不振、恶心、呕吐、嗳气、腹胀、腹鸣、腹痛、腹泻、便秘等症状。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能特异性地抑制胃壁细胞顶端膜构成的分泌性微管和胞浆内的管状泡上的H+-K+-ATP酶，从而有效地抑制胃酸的分泌。适用于胃酸分泌过多引起的胃肠功能紊乱相关的烧心、反酸等症状。雷贝拉唑： 作用机制也是抑制胃酸分泌，通过抑制胃壁细胞的H+-K+-ATP酶来减少胃酸分泌，可用于治疗胃酸相关性的胃肠功能紊乱疾病。