胃肠功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物来缓解症状，比如常用的有多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，一般可以在饭前15-30分钟服用。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解消化不良、腹胀、嗳气等症状。它主要适用于由胃肠运动功能障碍引起的消化不良等情况。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，可促进乙酰胆碱的释放，刺激胃肠蠕动，改善功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等症状。
助消化类药物
健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等组成，具有健胃消食的作用，可用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、嗳腐酸臭、脘腹胀满等。一般成人一次吃4-6片，小儿酌减。乳酶生： 为活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化和止泻作用。适用于消化不良、腹胀及小儿饮食失调所引起的腹泻、绿便等。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可直接补充正常生理细菌，调整肠道菌群，抑制肠道中对人体具有潜在危害的菌类甚至病原菌。用于治疗与肠道菌群失调相关的腹泻、便秘、功能性消化不良等。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而可调整肠道菌群失调，改善人体微生态环境，达到治疗目的。可用于细菌或真菌引起的急、慢性肠炎、腹泻，也可用于其他原因引起的胃肠道菌群失调的防治。