扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起，其中细菌和病毒是常见的致病因素。例如，A 组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体发炎较为常见的细菌病原体，而病毒方面，像腺病毒、鼻病毒等都可能导致扁桃体发炎。
细菌感染引发
A 组乙型溶血性链球菌：这是导致扁桃体发炎很重要的细菌类型，它会侵入扁桃体部位，引发炎症反应，使得扁桃体出现红肿、疼痛等症状，而且这类细菌感染相对较容易在人群密集的场所传播，比如学校、幼儿园等。葡萄球菌：金黄色葡萄球菌等葡萄球菌也可能感染扁桃体，从而引起扁桃体发炎，它可以通过分泌一些毒素等物质，破坏扁桃体的组织，导致炎症发生。
病毒感染导致
腺病毒：腺病毒感染是引起扁桃体发炎的常见病毒原因之一，感染腺病毒后，除了会引发扁桃体发炎外，还可能伴有发热、咳嗽等其他症状，而且腺病毒感染具有一定的传染性，在集体生活环境中容易造成传播。鼻病毒：鼻病毒感染也可能累及扁桃体，引发扁桃体的炎症，它引起的扁桃体发炎症状可能相对较轻，但也会让患者感觉咽部不适、扁桃体有一定程度的红肿等。
免疫力低下诱发
儿童群体：儿童的免疫系统还处于发育阶段，相对较弱，所以更容易受到病原微生物的侵袭，从而引发扁桃体发炎，比如 3 - 10 岁的儿童扁桃体发炎的发生率相对较高。老年人：老年人随着年龄增长，免疫力会逐渐下降，身体的抵抗力减弱，也容易受到细菌和病毒的感染，导致扁桃体发炎，尤其是一些本身有基础疾病的老年人，风险更高。过度劳累人群：长期过度劳累会使身体的免疫力降低，当身体抵抗力下降时，原本潜伏在体内的病原微生物就容易活跃起来，引发扁桃体发炎，比如连续熬夜工作、长时间高强度运动后没有得到充分休息的人群。