口腔溃疡的治疗药物需根据具体情况选择，一般来说，局部用药相对常用且有效。比如西瓜霜喷剂，能起到一定的消肿止痛作用，通常使用后1 - 2天可能会有症状改善。
局部外用药
含漱剂： 氯己定含漱液是比较常见的，它可以清洁口腔，抑制细菌生长，有助于促进口腔溃疡愈合，一般每天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 30秒。散剂： 冰硼散也是常用的，将其涂于溃疡表面，能起到清热解毒、消肿止痛的效果，但使用时要注意避免接触眼睛等敏感部位。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶： 它可以促进口腔溃疡创面的愈合，通过刺激细胞的增殖和迁移来加速修复过程。使用时需清洁口腔后，取适量凝胶涂于溃疡处。维生素类药物： 维生素B2、维生素C对口腔溃疡也有一定辅助治疗作用，维生素B2参与体内生物氧化与能量代谢等过程，维生素C能增强机体抵抗力，可通过口服补充，但一般作为辅助手段。
缓解疼痛类药物
利多卡因凝胶： 对于疼痛较为剧烈的口腔溃疡患者，可以使用利多卡因凝胶，它能起到局部麻醉的作用，暂时缓解疼痛，不过不建议频繁使用，以免产生依赖。苯佐卡因凝胶： 同样有止痛效果，涂抹在溃疡表面后能快速减轻疼痛感觉，但也不能长期大量使用。
免疫调节类药物
转移因子口服液： 如果是由于免疫功能紊乱引起的口腔溃疡，转移因子口服液可以调节免疫功能，帮助机体恢复正常的免疫状态，从而促进口腔溃疡的愈合，但使用前需咨询医生，尤其是儿童和孕妇等特殊人群更要谨慎。胸腺肽肠溶片： 也属于免疫调节药物，能增强细胞免疫功能，对于一些免疫功能低下导致反复口腔溃疡的患者可能有一定帮助，但使用时要严格遵循医生的指导。