治疗口腔溃疡并没有绝对最好的药，要根据具体情况选择。一般来说，局部用药相对常用且效果较好，比如西瓜霜喷剂，通常喷后能在一定程度上缓解疼痛、促进愈合，可能1 - 2天就能看到症状改善的迹象。
局部外用药
含漱剂： 氯己定含漱液是比较常用的，它能起到杀菌消炎的作用，一般每天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 30秒，连续使用几天能帮助减轻口腔溃疡处的炎症。散剂： 冰硼散也是常见的，直接撒在溃疡面上，能起到消肿止痛的效果，但使用时要注意避免接触到眼睛等敏感部位。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶： 它可以促进口腔溃疡创面的细胞修复，加快愈合进程。使用时要清洁口腔后，取适量凝胶涂抹在溃疡处，一天使用几次可以根据说明书来。维生素类药物： 维生素B2片可以口服，从一定程度上辅助治疗口腔溃疡，因为缺乏维生素B2可能会引发口腔溃疡，一般每天服用几次，每次一片，但要注意按剂量服用，不要过量。
缓解疼痛类药物
利多卡因凝胶： 这是一种局部麻醉药，对于疼痛比较剧烈的口腔溃疡患者，可以在进食前涂抹少量，能暂时缓解疼痛，让患者能正常进食，但不能频繁使用，以免产生依赖。苯佐卡因凝胶： 同样有止痛作用，涂抹在溃疡表面能快速减轻疼痛感觉，不过也不能长期大量使用。
免疫调节类药物
转移因子口服液： 如果是反复发生的口腔溃疡，可能与免疫功能有关，转移因子口服液可以调节机体免疫，帮助减少口腔溃疡的复发频率。一般按照儿童和成人不同的剂量来服用，儿童要在医生指导下使用。复方甘草酸苷片： 也可以用于调节免疫，辅助治疗口腔溃疡，成人一般每天服用几次，每次几片，具体用量遵医嘱，它可能对一些免疫因素引起的口腔溃疡有一定的治疗作用。