三个月宝宝睡觉摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统发育还不完善，控制能力较弱，可能会出现摇头、手抖等现象，这是正常的生理反应，随着宝宝的成长，这种现象会逐渐消失。
2.皮肤问题：宝宝的头部容易出汗，如果没有及时清洗，汗液会刺激头皮，导致宝宝感到瘙痒，从而出现摇头的现象。此外，如果宝宝的头皮有湿疹、痱子等皮肤问题，也会引起瘙痒，导致宝宝摇头。
3.环境因素：如果宝宝睡觉的环境温度过高、过低，或者空气过于干燥、潮湿，都会影响宝宝的舒适度，导致宝宝摇头。
4.维生素D缺乏性佝偻病：如果宝宝缺乏维生素D，会导致钙吸收不良，从而引起佝偻病。佝偻病的早期表现之一就是多汗、摇头，同时还可能伴有夜惊、夜啼、烦躁、方颅、鸡胸等症状。
5.其他：中耳炎、外耳道炎等耳部疾病，也可能导致宝宝因耳部不适而摇头。此外，一些神经系统疾病，如脑瘫、癫痫等，也可能引起宝宝睡觉摇头。
针对宝宝睡觉摇头的情况，家长可以采取以下措施：
1.保持宝宝的头部清洁，及时清洗汗液和头皮屑。
2.调整宝宝睡觉的环境，保持适宜的温度和湿度。
3.给宝宝补充维生素D，促进钙吸收。
4.如果宝宝有湿疹等皮肤问题，应及时就医，遵医嘱使用药物治疗。
5.如果宝宝经常摇头，伴有其他异常症状，应及时就医，进行相关检查，以排除疾病的可能。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，如果家长对宝宝的睡眠问题感到担忧，最好咨询医生的意见，以确保宝宝的健康。