治疗毛囊炎常用的外用药有莫匹罗星软膏等，一般使用正确的外用药后数天到一周左右能看到改善。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 这是一种局部外用的抗生素，能抑制细菌的生长繁殖。它适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎。使用时，清洁患处后，将适量药膏涂于患处，一日2 - 3次。需要注意的是，对莫匹罗星或其他含聚乙二醇软膏过敏者禁用。夫西地酸乳膏： 也属于外用抗生素，主要针对葡萄球菌等引起的毛囊炎。它通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥抗菌作用。使用方法是局部涂于患处，每日2 - 3次，一般连用7日为一个疗程。孕妇及哺乳期妇女应慎用。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，如马拉色菌毛囊炎，酮康唑乳膏就比较适用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。使用时，清洗患处后，取适量乳膏涂于患处，一日1 - 2次。对酮康唑、咪唑类药物过敏者禁用，孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用。特比萘芬乳膏： 同样用于治疗真菌性毛囊炎，它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成过程中角鲨烯堆积，导致真菌死亡。用法是局部外用，取适量乳膏涂于患处及其周围，一日1次。使用过程中如果出现刺激症状或过敏反应，应立即停药并就医。
中药类外用药
金黄散： 这是一种中药制剂，具有清热解毒、消肿止痛的功效。使用时用醋、浓茶或蜂蜜调敷于患处，可用于治疗热毒蕴结引起的毛囊炎。需要注意的是，金黄散外用时要避免接触眼睛和口腔等黏膜处，皮肤破溃处禁用。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，具有消肿、防腐及消炎作用。适用于疖肿等毛囊炎相关的皮肤感染。使用时，将鱼石脂软膏涂抹于患处，一日2次。对鱼石脂过敏者禁用，皮肤破溃处不宜使用。