毛囊炎的治疗需根据病情选择合适药物，一般局部外用药物较为常用，比如2%莫匹罗星软膏可用于革兰阳性球菌引起的感染性毛囊炎，通常每天涂抹2 - 3次。
局部外用药物治疗
抗生素类药膏： 莫匹罗星软膏是常用的局部抗生素，能抑制细菌生长，减轻毛囊炎的红肿、疼痛等症状。还有夫西地酸乳膏，对引起毛囊炎的常见细菌也有较好的抗菌作用，一般每天涂抹2 - 3次。抗真菌类药膏： 如果是真菌引起的毛囊炎，可使用酮康唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效，通常需要连续使用数周。还有特比萘芬乳膏，对于皮肤癣菌等真菌有抑制作用，每天外用1 - 2次。
系统药物治疗情况
病情较重时： 若毛囊炎症状较为严重，如泛发性毛囊炎，可能需要口服抗生素。比如金黄色葡萄球菌引起的感染，可口服头孢类抗生素，但需注意对头孢过敏者禁用。如果是真菌感染引起且外用药物效果不佳时，可能会口服伊曲康唑，但伊曲康唑对肝脏有一定影响，用药前需检查肝功能，且孕妇禁用。
日常护理辅助治疗
保持皮肤清洁： 要注意经常清洗皮肤，尤其是容易长毛囊炎的部位，保持皮肤的清洁干燥，可减少细菌、真菌等病原体的滋生。每天用温和的沐浴产品清洗，洗完后及时擦干。避免刺激皮肤： 尽量不要搔抓、挤压毛囊炎部位，以免导致感染扩散。同时，要穿着宽松、透气的衣物，减少对皮肤的摩擦，比如选择棉质的衣物，避免穿紧身、不透气的化纤衣物。