毛囊炎的治疗药物需根据病情选择，一般轻度毛囊炎可外用药物治疗，严重时可能需要配合口服药物。比如，外用药物常见的有莫匹罗星软膏等，一般轻度毛囊炎通过规范用药可逐渐好转。
外用药物治疗为主
局部外用抗生素：对于症状较轻的毛囊炎，常用的外用药物有莫匹罗星软膏，它可以抑制细菌生长，起到抗感染的作用。还有夫西地酸乳膏，也能有效杀灭引起毛囊炎的常见细菌。抗真菌外用制剂：如果是真菌引起的毛囊炎，像马拉色菌感染导致的，就要使用抗真菌的外用药物，比如酮康唑乳膏，它能抑制真菌的生长繁殖，从而缓解毛囊炎症状。
口服药物辅助治疗
抗生素类口服药：当毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能需要口服抗生素。例如头孢类抗生素，不过使用前需要确认患者没有头孢类药物过敏史。还有四环素类药物，如多西环素，但要注意儿童和孕妇一般不建议使用这类药物。抗真菌口服药：若是真菌性毛囊炎且外用药物效果差，可能会用到抗真菌口服药，像伊曲康唑，不过使用时要严格遵循医嘱，因为它对肝脏等有一定影响，需要监测肝功能。
注意事项及特殊人群
注意皮肤清洁：无论使用哪种药物治疗，都要保持皮肤清洁，每天用温水清洗患处，但要注意不要过度清洗，以免损伤皮肤屏障。一般建议每天清洗1 - 2次即可。特殊人群需谨慎：儿童患毛囊炎时，用药要特别小心。儿童皮肤娇嫩，外用药物选择要更温和，口服药物更要严格遵医嘱，因为儿童的肝肾功能尚未发育完全，药物代谢与成人不同。孕妇患毛囊炎时，用药也需谨慎，很多药物可能会影响胎儿，必须在医生评估后选择相对安全的治疗方案。