双肾3mm结石可通过口服药物、手术治疗、多喝水等方式来改善。具体治疗方法如下：
一、口服药物：
1.五淋化石胶囊、尿石通：可在医生指导下使用这些药物进行排石治疗，在此期间还需联合口服解痉药物，如坦索罗辛。坦索罗辛能够舒张、松弛尿管下段平滑肌，这有利于结石更顺利地排出。
2.其他药物：根据患者具体情况，医生可能还会选用其他合适的药物来辅助治疗。
二、手术治疗：若双肾有3mm结石且伴有肾部的酸痛不适，同时出现了肾功能异常，这时可前往医院进行体外冲击波碎石手术，通过该手术能有效去除结石。
三、多喝水：日常要注意多喝水且勤排尿，保证每天的饮水量在2000毫升以上。多喝水能增加尿液的生成，及时冲刷泌尿道，有助于将小结石更快地冲出体外。
当双肾出现3mm结石时，应及时前往医院，在医生的指导下选择合适的治疗方法。