起口疮的原因有多种。一般来说，口腔局部创伤是常见原因之一，比如刷牙时用力过猛划伤口腔黏膜，或者吃了过于坚硬、尖锐的食物刮伤，都可能引发口疮，这种情况在日常生活中较为多见。
免疫力因素
自身免疫功能低下： 当人体的免疫力处于较低水平时，比如长期熬夜、过度劳累后，身体的防御能力下降，就容易受到病菌侵袭，从而引发口疮。研究发现，长期睡眠不足7小时的人群，口疮发生率比睡眠充足人群高出约30%。维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6等，会影响口腔黏膜的正常代谢，增加起口疮的几率。比如长期饮食单一，不爱吃蔬菜水果的人，就容易出现维生素缺乏进而起口疮。一般成年人每天需要摄入维生素B2约1.2 - 1.5毫克，维生素B6约1.4 - 1.8毫克。
内分泌变化
生理期影响： 女性在生理期前后，体内的激素水平会发生变化，这可能会导致口疮的发生。有调查显示，约60%的女性在生理期前后会出现口疮症状。孕期内分泌改变： 孕妇在怀孕期间，由于体内孕激素水平升高，也容易出现口疮情况，这是因为内分泌的变化影响了口腔黏膜的环境。
病菌感染
病毒感染： 单纯疱疹病毒感染是引发口疮的常见病毒因素之一。当人体感染单纯疱疹病毒后，在免疫力下降时就容易发作，出现口腔黏膜上有单个或多个疱疹，随后破溃形成口疮。细菌感染： 一些有害细菌在口腔内大量繁殖，也会破坏口腔黏膜的健康，引发口疮。比如口腔卫生不良，细菌滋生，就可能导致口疮的产生。