起口疮的原因有多种。一般来说，机体免疫力下降时容易起口疮，比如当人体疲劳、睡眠不足后，约有40%-50%的人会出现口疮。
一、局部创伤因素
口腔内机械刺激： 牙齿残根、残冠、锐利的牙尖等长期摩擦口腔黏膜，就可能引发口疮。比如有的人牙齿有尖锐的边缘，持续刺激口腔内壁，时间一长就容易起口疮。不良咬合关系： 错颌畸形等不良咬合关系会反复摩擦口腔黏膜特定部位，进而导致口疮发生。例如牙齿排列不整齐，上下牙咬合时对口腔黏膜造成不正常的摩擦，就可能引发局部口疮。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族缺乏，像维生素B2、B6等缺乏时，容易出现口疮。有研究发现，长期偏食、挑食的人，摄入维生素不足，起口疮的几率相对较高。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素缺乏也与口疮有关。比如人体缺锌时，会影响细胞的正常代谢，从而增加口疮发生的可能性。
三、系统疾病因素
消化系统疾病： 患有胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、慢性肝炎等消化系统疾病时，容易伴有口疮。例如胃溃疡患者，由于胃肠道功能紊乱，影响营养物质的吸收，进而可能引发口疮。内分泌紊乱： 女性在月经周期前后，体内激素水平变化较大，容易出现口疮。还有些人因工作压力大等原因导致内分泌失调，也可能引发口疮。比如更年期女性，由于内分泌改变，口疮的发生率会有所增加。