扁桃体窝结石主要是由于食物残渣、细菌、死细胞等物质沉积在扁桃体隐窝内，逐渐钙化形成的。一般来说，扁桃体隐窝比较深，当这些物质长期积聚，就容易形成结石。
扁桃体隐窝的结构特点
隐窝较深： 扁桃体表面有许多深浅不一的隐窝，其中一些隐窝比较深，食物残渣等容易进入并留存其中。比如，正常扁桃体隐窝深度可能在2 - 3毫米左右，当隐窝深度超过一定程度后，就更易积聚物质。分泌物流通缓慢： 扁桃体隐窝会分泌一些黏液等物质，由于隐窝结构的原因，这些分泌物的流通相对缓慢，使得沉积物质更容易滞留。
细菌感染的影响
细菌滋生： 口腔内存在大量细菌，当扁桃体隐窝内留存食物残渣等物质时，就为细菌提供了滋生的温床。例如，链球菌等细菌在隐窝内繁殖，会促进结石形成的过程。细菌会分解食物残渣等物质，产生一些黏性物质，进一步促使结石成分的积聚。炎症刺激： 细菌感染可能引发扁桃体炎症，炎症会导致隐窝黏膜水肿、狭窄等，使得原本就不易排出的物质更难清除，从而加速结石的形成。比如，长期反复的扁桃体炎患者，发生扁桃体窝结石的概率相对更高。
口腔卫生状况的作用
清洁不彻底： 如果日常口腔卫生做得不好，比如很少刷牙、漱口不充分等，食物残渣就容易在扁桃体窝内残留。像每天刷牙少于2次的人群，扁桃体窝内残留食物残渣的概率比每天刷牙3次及以上的人群要高很多，也就更易形成结石。不良生活习惯： 长期吸烟、饮酒等不良生活习惯也会影响扁桃体窝结石的形成。吸烟会使口腔环境变差，烟草中的有害物质会刺激扁桃体隐窝；饮酒会干扰口腔的正常生理环境，增加细菌滋生和物质沉积的风险。例如，每天吸烟超过10支的人，患扁桃体窝结石的可能性比不吸烟者高约30%。