扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝长期堵塞，导致分泌物引流不畅，钙、镁等无机盐沉积形成的硬块。一般来说，扁桃体结石的形成与扁桃体的结构以及口腔卫生状况等因素密切相关。
扁桃体自身结构因素
隐窝开口堵塞： 扁桃体表面有许多小隐窝，正常情况下隐窝是开放的，能顺利引流分泌物。但当隐窝开口被细菌、病毒、食物残渣等堵塞时，分泌物就会积聚在隐窝内。例如，长期的炎症刺激可能使隐窝口黏膜水肿，进一步加重堵塞情况，为结石形成创造条件。一般儿童的扁桃体隐窝相对较深，更容易发生堵塞，不过成人也可能出现这种情况。上皮细胞堆积： 扁桃体的上皮细胞会不断更新，正常情况下会随着分泌物排出。然而，当隐窝堵塞时，上皮细胞堆积在隐窝内，与分泌物、细菌等混合在一起，逐渐形成浓稠的物质，这些物质如果长期留存就可能钙化形成结石。
口腔卫生状况因素
口腔清洁不到位： 日常不注意口腔卫生，没有及时刷牙、漱口，食物残渣容易残留在口腔内，尤其是扁桃体周围。比如，进食后如果不及时清洁口腔，食物碎屑就会停留在扁桃体隐窝附近，为细菌滋生提供了温床，进而促进结石形成。研究发现，每天刷牙少于2次的人群，扁桃体结石的发生率比每天刷牙2次以上的人群要高约30%。细菌感染影响： 口腔内的细菌，如链球菌等，在食物残渣等物质存在的情况下大量繁殖。细菌产生的一些物质会参与结石的形成过程，它们会使分泌物变得更加黏稠，更容易形成固体物质并沉积在扁桃体隐窝中。例如，链球菌产生的某些酶可能会改变分泌物的理化性质，加速结石成分的沉积。
其他相关因素
年龄因素： 随着年龄增长，扁桃体的结构和功能会发生一定变化，隐窝也可能逐渐变得更易堵塞。一般30 - 50岁的人群相对更易出现扁桃体结石，但这也不是绝对的，年轻人如果口腔卫生差等也可能长结石。饮食习惯因素： 长期食用辛辣、刺激性食物以及高糖食物等，可能会刺激扁桃体隐窝，影响分泌物的正常排出。比如，经常吃油炸食品、糖果等，会增加口腔内细菌滋生的机会，同时也可能使扁桃体隐窝的环境更利于结石形成。