肛周脓肿主要是肛腺感染引发的，通常肛腺开口在肛窦处，若肛窦被粪便等异物堵塞，就容易引发肛腺感染，进而形成肛周脓肿。据临床统计，约80%以上的肛周脓肿与肛腺感染相关。
肛腺感染因素
肛窦损伤： 粪便干结、腹泻等情况容易导致肛窦损伤，比如长期便秘的人，粪便过硬擦伤肛窦，就为细菌入侵创造了条件。正常肛窦内有肛腺，细菌一旦侵入肛腺，就会在腺体内繁殖，引发炎症，逐步向周围组织蔓延，形成肛周脓肿。肛腺阻塞： 婴幼儿肛腺发育不完善，相对更容易发生肛腺阻塞。此外，一些患有炎性肠病的患者，肠道炎症也可能波及肛腺，导致肛腺阻塞，从而增加肛周脓肿的发生风险。
肛门周围皮肤感染
皮肤损伤： 肛门周围皮肤有擦伤、肛裂等损伤时，细菌容易侵入。比如肛裂患者，裂口处容易被粪便污染，细菌滋生后可感染周围组织，引发肛周脓肿。据观察，约15%的肛周脓肿患者有过肛裂病史。皮脂腺囊肿感染： 肛门周围的皮脂腺囊肿如果发生感染，也可能发展为肛周脓肿。皮脂腺囊肿是由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀而形成的潴留性囊肿，一旦感染，就会出现红肿、疼痛等炎症表现，严重时可形成脓肿。
全身抵抗力下降
糖尿病患者： 糖尿病患者血糖控制不佳时，身体抵抗力下降，白细胞的吞噬能力和杀菌能力减弱，容易受到细菌感染。据研究，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2~3倍。这类患者一旦发生肛周脓肿，病情往往比较严重，恢复也相对较慢。长期使用免疫抑制剂者： 像器官移植后长期服用免疫抑制剂的患者，免疫系统被抑制，身体抵御细菌的能力降低，容易发生各种感染，包括肛周脓肿。他们感染后，炎症不容易控制，需要格外注意肛周卫生，及时发现感染迹象并就医。