乳腺导管扩张症的病因目前尚未完全明确，但一般认为与多种因素相关。目前研究发现，乳腺导管扩张症可能与以下几方面因素有关。
导管排泄障碍
乳头、乳晕处导管发育异常： 乳头、乳晕区的导管如果出现先天性的发育异常，比如导管开口狭窄、闭塞等情况，就会影响导管内物质的正常排出。据统计，约有1/3的乳腺导管扩张症患者存在乳头、乳晕区导管的这种发育异常问题，使得导管内的分泌物、脱落细胞等堆积，进而引起导管扩张。感染与损伤： 细菌感染等情况可能导致导管周围组织发生炎症反应，炎症刺激会使导管壁纤维组织增生，从而造成导管狭窄、阻塞。比如乳头部位受到损伤后，细菌容易侵入导管，引发炎症，进而影响导管的正常排泄功能。
激素水平紊乱
雌激素水平相对升高： 体内雌激素水平如果出现相对升高的情况，会刺激乳腺导管上皮细胞增生，使得导管内分泌物增多。有研究表明，在乳腺导管扩张症患者中，部分人存在雌激素代谢的异常，导致雌激素水平高于正常生理状态下的水平，进而促使乳腺导管扩张症的发生发展。孕激素水平变化： 孕激素对乳腺组织有一定的保护和调节作用，如果孕激素水平不足或比例失调，也会影响乳腺导管的正常功能。当孕激素水平降低时，不能很好地对抗雌激素的作用，就容易出现导管扩张等一系列病理改变。
免疫因素
自身免疫反应： 人体的免疫系统可能会错误地将乳腺导管组织识别为外来的有害物质，从而引发自身免疫反应。这种自身免疫反应会导致导管周围组织发生炎症，破坏导管的正常结构和功能，最终导致乳腺导管扩张症的发生。例如，自身免疫相关的抗体可能会攻击乳腺导管上皮细胞，引起炎症性改变，进而使导管扩张。免疫调节异常： 机体的免疫调节系统出现异常时，也会影响对乳腺组织的正常保护。比如一些免疫细胞的功能失调，不能有效地清除导管内的异常物质，使得导管内环境失衡，促使乳腺导管扩张症的形成。