慢性肠炎的症状较多，常见的有长期反复发作的腹痛，一般病程可持续数月甚至数年，疼痛程度不一，多为隐痛或胀痛。另外，腹泻也是典型症状，多数患者排便次数会增多，可能每天3~5次甚至更多，大便性状多为稀便，有时呈黏液便。
肠道不适表现
腹痛特点： 慢性肠炎引发的腹痛位置不固定，多在脐周附近。疼痛性质多样，有的是间歇性隐痛，有的是持续性胀痛，在进食生冷、油腻食物后往往会加重。腹泻情况： 腹泻常呈反复发作态势，大便中可能带有少量黏液，严重时会出现脓血便。部分患者还会伴有里急后重感，即总有便意，但排便量不多。
全身伴随症状
营养不良表现： 由于肠道吸收功能受影响，患者可能出现体重下降，一般会在数月内体重减轻3~5公斤不等。还可能有贫血症状，表现为面色苍白、乏力，血常规检查可见血红蛋白降低。疲劳困倦： 患者常常感觉全身乏力、容易疲倦，精神状态较差，日常活动耐力明显下降，比如原本能快速爬几层楼梯，患病后爬一层就会气喘吁吁。
其他相关症状
肠道功能紊乱： 除了腹泻和腹痛，还可能出现便秘与腹泻交替的情况。有的患者会有腹胀感，尤其是在进食后腹胀更为明显，腹部叩诊呈鼓音。食欲减退： 患者的食欲会受到影响，食量逐渐减少，对以往喜欢的食物也提不起兴趣，长期可能导致营养摄入进一步不足，加重身体的不适状况。