肠结核的症状多样，常见的有腹痛，多数患者会有右下腹隐痛或钝痛，有时在进食后会加重，还可能伴有腹泻与便秘交替的情况，约有1/3的患者会出现这种排便习惯的改变。
肠道症状表现
腹痛特点： 多数为右下腹隐痛或钝痛，疼痛程度一般较轻，进食可诱发，这是因为进食会引起胃肠蠕动增加或胃酸分泌刺激病变部位。腹泻与便秘交替： 约1/3的肠结核患者会出现这种情况，腹泻多是糊状便，无脓血，而便秘时粪便干结如羊粪状。
全身症状表现
发热： 多数患者有低热，体温一般在37.5℃~38.5℃之间，午后或傍晚发热较为常见，还可能伴有盗汗，夜间睡眠时出汗较多，醒来后汗止。消瘦、乏力： 由于肠道功能紊乱，营养吸收不良，患者会逐渐出现消瘦，体重下降，同时伴有乏力，精神不振。
腹部体征表现
腹部压痛： 右下腹常有固定的压痛部位，按压时会有疼痛感。腹部肿块： 约10%~20%的患者可触及腹部肿块，多位于右下腹，质地中等，比较固定，伴有轻度或中度压痛。如果肿块质地较硬，表面不光滑，要警惕是否有合并其他病变的可能。