肉里面疼可能由多种原因造成。比如肌肉劳损是常见原因之一，长时间过度使用某部分肌肉，像长期从事重体力劳动或剧烈运动后，肌肉会积累乳酸等代谢产物，一般休息1 - 2天可能会有所缓解，但严重时疼痛持续时间较长。
肌肉相关原因
运动过度导致： 当进行高强度、长时间的运动，例如连续跑10公里以上，肌肉会因为无氧代谢产生大量乳酸，堆积在肌肉内就会引起肉里面疼，这种疼痛通常在运动后几小时到1 - 2天内比较明显。肌肉拉伤引起： 在运动过程中如果姿势不当或者用力过猛，比如突然猛力扭转身体导致肌肉拉伤，受伤部位的肌肉会出现疼痛、肿胀，严重的还可能伴有淤血，一般拉伤后立刻能感觉到疼痛，且活动会受限。
神经方面原因
神经根受压： 像腰椎间盘突出症，突出的椎间盘压迫神经根，会导致受压神经所支配的区域出现肉里面疼，同时可能伴有下肢麻木等症状，这种疼痛可能会持续存在，且在久坐、弯腰等姿势时加重。神经炎导致： 如坐骨神经炎，炎症会刺激神经，引起神经支配区域的肌肉出现疼痛，疼痛可能呈刺痛、灼痛等感觉，而且可能会影响到肌肉的正常功能。
感染因素
细菌感染： 当肌肉部位发生细菌感染，形成脓肿等情况时，会出现肉里面疼，同时局部可能伴有红肿、发热等症状，比如软组织的细菌性感染，感染部位会有明显的炎症反应表现。病毒感染： 像病毒性肌炎，病毒侵犯肌肉组织，也会引起肌肉疼痛，可能还会伴有发热、乏力等全身症状，疼痛程度因人而异，有的较轻，有的较剧烈。