孕期甲减会对胎儿产生多方面的不良影响。研究表明，孕期如果母体甲状腺功能减退，约有30%~50%的胎儿智力发育可能受到影响。
对胎儿神经系统发育的影响
智力发育迟缓： 甲状腺激素对胎儿神经系统的正常发育至关重要。孕期甲减会导致胎儿脑发育所需的甲状腺激素供应不足，可能使胎儿出生后智力水平低于正常婴儿。例如，有研究发现，未控制的孕期甲减孕妇所生婴儿，在认知能力、语言发育等方面可能落后于正常孕妇所生婴儿。脑发育关键期受影响： 胎儿脑发育的关键时期是在妊娠早期，也就是怀孕前12周左右，此时如果母体甲减，甲状腺激素缺乏会严重干扰神经细胞的增殖、迁移和分化等过程，进而影响胎儿的神经系统发育。
对胎儿生长发育的影响
生长受限： 甲状腺激素参与胎儿的生长调控，孕期甲减会使胎儿的生长速度减慢，导致胎儿体重低于正常孕周的胎儿。有数据显示，约20%~30%的孕期甲减孕妇所生胎儿存在生长受限的情况。骨骼发育异常： 甲状腺激素对骨骼的生长和成熟也有影响，孕期甲减可能导致胎儿骨骼发育异常，影响胎儿的身高、骨龄等方面的正常发育。
对胎儿其他系统的影响
心血管系统： 甲减可能影响胎儿心血管系统的发育，增加胎儿出生后出现先天性心脏病等心血管疾病的风险。研究发现，孕期甲减孕妇的胎儿发生心血管畸形的概率相对正常孕妇有所升高。呼吸系统： 甲状腺激素不足可能对胎儿呼吸系统的发育产生一定影响，虽然具体机制尚不完全明确，但有相关研究提示，孕期甲减可能与胎儿出生后呼吸系统功能异常存在一定关联。