孕期患甲减对胎儿影响较大，研究表明，孕妇甲减会使胎儿智力发育受损风险增加约60%。
对胎儿神经系统发育的影响
胎儿脑发育关键期受影响： 在妊娠早期（怀孕前3个月），胎儿的神经系统正处于快速发育阶段，而甲状腺激素是胎儿脑发育必不可少的激素。如果孕妇甲减，体内甲状腺激素水平不足，会影响胎儿大脑神经细胞的增殖、分化和迁移等过程。比如，可能导致胎儿智力发育迟缓，出生后在认知、学习能力等方面可能落后于正常胎儿。影响神经髓鞘形成： 甲状腺激素还参与神经髓鞘的形成，孕妇甲减会干扰这一过程，使得胎儿的神经传导功能受到影响，可能为日后出现神经系统相关问题埋下隐患。
对胎儿生长发育的影响
胎儿生长受限： 甲状腺激素对胎儿的生长发育起着重要的调节作用，包括促进蛋白质合成、细胞增殖等。孕妇甲减时，胎儿获取的甲状腺激素不足，会影响胎儿的生长速度，导致胎儿体重低于正常孕周的胎儿，出现胎儿生长受限的情况。据统计，约有一定比例的甲减孕妇所生胎儿体重会低于同龄正常胎儿。影响骨骼发育： 甲状腺激素也参与骨骼的生长和发育，孕妇甲减可能会导致胎儿骨骼发育异常，出现骨骼生长缓慢、骨龄落后等问题，影响胎儿的整体生长发育状况。
增加早产、流产风险
增加早产风险： 孕妇甲减会影响体内的内分泌平衡，进而干扰子宫的内环境，使得子宫收缩等情况异常，增加早产的发生几率。临床数据显示，甲减孕妇早产发生率比正常孕妇要高不少。提高流产风险： 甲状腺激素水平异常会影响胚胎的着床和发育，孕妇甲减时，胚胎着床不稳定，容易发生流产。研究发现，甲减孕妇的流产风险明显高于甲状腺功能正常的孕妇。