孕期甲减会对胎儿产生多方面不良影响，研究表明，孕期临床甲减若不治疗，约30%的胎儿智力发育可能受到影响，出现认知功能下降等问题。
对胎儿神经系统发育的影响
胎儿脑发育关键期： 在孕期前12周，胎儿的神经系统正处于快速发育阶段，此时如果母体甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足，会影响胎儿大脑的正常发育。因为甲状腺激素是胎儿脑发育必需的激素，它参与神经元的增殖、迁移、分化以及髓鞘形成等过程。如果缺乏，可能导致胎儿脑皮质发育不良，出生后智力水平可能低于正常婴儿。影响认知能力： 有研究显示，孕期中重度甲减未治疗的孕妇所生婴儿，在幼儿期和儿童期的认知测试中，得分往往低于正常孕妇所生婴儿。比如在语言表达、记忆力、注意力等方面可能存在缺陷。
对胎儿生长发育的影响
导致胎儿生长受限： 甲状腺激素对胎儿的生长发育起着重要的调节作用，它参与胎儿的骨化过程以及各器官的生长。孕期甲减时，胎儿获取的甲状腺激素不足，会影响胎儿的生长速度，使胎儿的体重低于同孕周的正常胎儿。长期甲状腺激素缺乏还可能影响胎儿的骨骼发育，导致胎儿出现骨骼发育迟缓等问题。增加早产风险： 孕期甲减还与早产有一定关联。甲状腺激素水平异常可能影响子宫的内环境，导致子宫收缩异常，从而增加早产的发生几率。
对胎儿其他系统的影响
影响心血管系统发育： 甲状腺激素对胎儿心血管系统的正常发育也很重要。甲减可能导致胎儿心脏的结构和功能出现异常，比如心脏瓣膜发育不良、心率异常等情况的发生风险增加。影响呼吸系统发育： 在胎儿肺部发育过程中，甲状腺激素也发挥着作用。孕期甲减可能干扰胎儿肺部的正常发育，使胎儿出生后呼吸系统出现问题的概率升高，例如出现呼吸窘迫等情况。