来姨妈时腰痛可能由多种原因引起。一般来说，女性在月经期间出现腰痛，约有60% - 80%的女性会有不同程度的经期腰痛情况。
生理性原因导致的腰痛
激素变化影响：月经期间，女性体内激素水平会发生变化，前列腺素分泌增加，它可能会引起子宫平滑肌收缩，同时也可能会影响到腰部的肌肉和筋膜，导致腰部出现疼痛不适。一般这种情况随着月经结束，激素水平逐渐恢复正常，腰痛也会慢慢缓解。子宫位置异常：如子宫后倾、后屈位，月经期间子宫收缩排出经血，由于位置异常，子宫需要加强收缩才能将经血排出，这就容易引起腰部酸痛。这种情况在一些女性中较为常见，尤其是有先天性子宫发育异常的女性。
病理性原因导致的腰痛
盆腔炎：如果女性本身有盆腔炎，在月经期间，盆腔充血会加重炎症反应，从而导致腰痛加重。盆腔炎除了经期腰痛外，还可能伴有下腹部坠胀、疼痛，白带增多等症状。一般盆腔炎需要及时就医治疗，否则可能会影响生育等问题。子宫内膜异位症：子宫内膜异位症患者，异位的子宫内膜会随着月经周期出血，刺激周围组织，引起腰痛。这种腰痛往往比较顽固，而且可能会逐渐加重，还可能伴有痛经进行性加重、性交痛等症状。
其他因素导致的腰痛
腰部本身疾病：如腰肌劳损，女性在月经期间如果长时间站立、久坐或者过度劳累，本身有腰肌劳损的话，就容易诱发或加重腰痛。还有腰椎间盘突出症，虽然月经不是直接病因，但在月经期间身体的一些生理变化可能会使原本的腰椎间盘突出症症状加重，出现腰痛。生活习惯不佳：月经期间如果不注意保暖，腰部受凉，也容易引起腰痛。另外，穿着不合适的内衣，过度束腰等，会影响腰部的血液循环，也可能导致月经期间腰痛。