同房三天查出怀孕，可能是以下原因导致：
1.排卵期提前：如果女性的排卵期提前，在同房时正好处于排卵期，那么受孕的几率就会增加。虽然同房时间较短，但精子和卵子可能已经结合，形成了受精卵。
2.着床时间早：受精卵着床时间早也可能导致在同房三天后就能检测出怀孕。一般来说，受精卵需要6-12天才能着床，但在某些情况下，着床时间可能会更早。
3.验孕棒或试纸的敏感性高：现在市面上的验孕棒或试纸灵敏度很高，能够在受孕后较早的时间检测出怀孕。
需要注意的是，每个人的身体情况不同，受孕时间也会有所差异。如果对怀孕结果有疑虑，建议及时咨询医生或进行进一步的检查。同时，如果没有生育计划，在同房时应采取有效的避孕措施，以避免不必要的困扰。