同房三天查出怀孕，可能是以下原因导致的：
1.受孕时间早：虽然同房三天后检测出怀孕，但实际上可能在之前的排卵期就已经受孕了。精子在女性体内可以存活2-3天，而卵子排出后也可以在输卵管内存活1-2天，因此受孕的时间可能早于同房的时间。
2.检测时间早：有些早期妊娠检测方法，如验孕棒或血液HCG检测，在受孕后较短的时间内就可以检测出怀孕。虽然同房只有三天，但可能已经错过了月经来潮的时间，或者受孕时间较早，导致检测结果呈阳性。
3.多胎妊娠：在某些情况下，可能会出现双胞胎或多胞胎的情况。受孕后，多个胚胎会同时发育，这可能导致更早地检测到怀孕。
4.异常妊娠：极少数情况下，宫外孕或其他异常妊娠情况也可能导致较早地检测到怀孕。宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床发育，这种情况可能会引起腹痛、阴道流血等异常症状，但在受孕早期可能没有明显症状。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况还需要进一步的检查和咨询医生。如果对怀孕的结果有疑问或担忧，建议及时咨询医生，进行详细的咨询和进一步的检查，以确定受孕的时间、胚胎的发育情况以及是否存在其他潜在的问题。同时，在确认怀孕后，应注意保持良好的生活习惯，遵循医生的建议进行产前检查和护理。