扁平疣最佳治疗方法需根据具体情况选择，一般可通过药物治疗、物理治疗等方式。通常药物治疗中常用的有维A酸类药物，比如0.1%维A酸软膏可用于治疗扁平疣，但使用时要注意可能引起局部刺激等反应。
药物治疗方面
外用药物： 还有5%氟尿嘧啶软膏，不过它可能会引起色素沉着等问题。另外，酞丁胺霜剂也可用于涂抹患处，对扁平疣有一定的治疗作用。免疫调节剂： 对于一些反复发作的扁平疣患者，可使用免疫调节剂，如干扰素，它可以通过调节机体免疫功能来发挥治疗作用，但使用干扰素可能会有发热等不良反应。
物理治疗方面
冷冻治疗： 是比较常用的物理治疗方法，利用低温使疣体坏死脱落。一般冷冻后局部会出现水疱，然后逐渐结痂脱落，通常需要多次治疗才能完全去除疣体，而且治疗后要注意保持局部清洁，避免感染。激光治疗： 利用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。激光治疗相对来说创伤较小，恢复较快，但术后也需要注意护理，防止感染，并且要避免日晒，以免留下色素沉着。
日常注意事项
扁平疣患者在日常生活中要注意避免搔抓疣体，因为搔抓可能会引起自身接种，导致疣体增多。同时，要注意保持皮肤清洁，增强自身免疫力也很重要，比如要保证充足的睡眠、合理饮食等。另外，对于免疫力较低的人群，如儿童、老年人等，更要注意预防扁平疣的发生，一旦发现有疑似扁平疣的症状，应及时就医，不要自行盲目用药，以免延误病情。