乳糖不耐受主要是由于体内缺乏乳糖酶，无法完全消化乳糖而引发一系列症状。一般来说，乳糖不耐受人群在摄入含乳糖的食物后0.5~2小时内就可能出现症状。
胃肠道相关症状
腹痛： 部分乳糖不耐受者会出现腹部疼痛，疼痛程度可轻可重，多为隐痛或胀痛，部位通常在腹部中间或下腹部。腹泻： 这是比较常见的症状，大便多为稀水样，每天排便次数可能会增多，一般在3~10次不等，严重时可能会影响正常生活。
消化道外相关症状
恶心呕吐： 有些乳糖不耐受者在摄入含乳糖食物后，会出现恶心感觉，严重时可能会伴随呕吐，呕吐物多为胃内的食物残渣等。腹胀： 肠道内未被消化的乳糖在肠道细菌作用下发酵产气，导致腹部胀气，感觉肚子鼓鼓的，比较难受。
不同人群的特殊表现
婴幼儿乳糖不耐受： 除了上述胃肠道和消化道外症状外，还可能表现为烦躁不安，因为身体不适而哭闹不止，影响睡眠和进食，长期可能会影响生长发育，因为营养吸收受影响。成年人乳糖不耐受： 症状可能相对婴幼儿来说没那么剧烈，但也会影响生活质量，比如在社交场合摄入含乳糖食物后出现不适，可能会限制饮食选择，影响日常饮食搭配。