刚查出怀孕就肚子疼，主要有以下几种情况。一、正常的早孕反应。怀孕后，通常在停经6周以后，子宫会逐渐增大，牵扯韧带会导致下腹出现隐隐的胀痛不适，一般疼痛并不明显，且没有阴道分泌物异常和下坠感。这种情况通常无需特殊处理，只要注意休息，保持外阴清洁卫生，饮食清淡即可。二、可能是先兆流产或宫外孕。刚明确怀孕不久就出现肚子疼，部分会表现为疼痛明显或呈阵发性腹痛下坠，有的还伴有阴道少量出血或咖啡色分泌物。此时需要做B超来确定妊娠囊的位置以排除宫外孕，同时结合血HCG和孕酮的指标来评估胚胎的发育情况。
总结概况提示：怀孕初期肚子疼的原因多样，需根据具体表现及检查来明确原因，以便采取合适的应对措施。