真菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如皮肤真菌感染，常见的体癣，会出现圆形或椭圆形的红斑，边缘有丘疹、水疱，伴有瘙痒，一般病程可能持续数周甚至数月。
皮肤真菌感染症状
皮肤红斑丘疹： 像手癣，初期多为单侧手掌出现小水疱，水疱干涸后会脱屑，逐渐向周围蔓延，形成环状红斑，边界清楚。瘙痒明显： 皮肤真菌感染常常会引起强烈的瘙痒感，患者会不自觉地搔抓，可能会导致皮肤破损、继发感染等情况。
浅部真菌感染症状
头癣表现： 儿童较为常见，会出现头皮瘙痒、脱发，头皮上有鳞屑、结痂，严重的可能会有脓疱。甲真菌感染（甲癣）： 指甲或脚趾甲会变色、增厚、变形，指甲表面失去光泽，变得粗糙不平，严重时指甲会与甲床分离。
深部真菌感染症状
肺部真菌感染症状： 可能会有咳嗽、咳痰，痰中可能带血，还可能伴有发热、乏力等全身症状，发热一般是低热或中度发热，持续时间不定。消化道真菌感染症状： 会出现腹痛、腹泻，腹泻可能是稀水样便，严重的会有黏液脓血便，同时可能伴有恶心、呕吐等症状，病程较长的患者可能会有体重下降。