自然流产指的是自然状态下发生的流产，临床认为其与胎儿发育不全、染色体异常等有关。自然流产后判断是否流干净的方式如下：
一、出血时间。自然流产后会有阴道出血现象，通常出血时间持续一到两周，若超出此时间仍有出血，可能存在宫内残留，需要进一步检查和处理。1.正常情况下出血时间的范围。2.超过时间出血可能存在的问题。
二、抽血化验HCG的数值。流产后体内HCG的数值会迅速下降，一般三周左右可恢复正常。如果流产后HCG数值下降缓慢或有增长趋势，则表明没有流干净。1.流产后HCG数值的正常变化趋势。2.异常变化所提示的情况。
三、彩超检查。这是最为直观的方法，在彩超下可看到宫内是否有残留组织，若有残留则说明没流干净，需要进一步采取措施。1.彩超检查的直观性体现。2.通过彩超检查得出的判断依据。
总之，自然流产后可通过出血时间、HCG数值变化以及彩超检查等来综合判断是否流干净。