自然流产后判断是否流干净的方式主要有以下几种：
一、B超检查：这是判断自然流产是否流干净的首要方法。通过B超检查可明确子宫腔内是否残留组织物。如果子宫腔内不存在残留组织，通常意味着流产已排净。B超是利用超声波技术对人体内部进行成像，能够清晰显示子宫的形态、大小以及宫腔内的情况，从而准确判断有无残留。
二、血HCG检查：即检测血清中人绒毛膜促性腺激素的水平。主要通过抽血进行检测，可判断女性体内的人绒毛膜促性腺激素水平。若人绒毛膜促性腺激素下降至妊娠前的数值，一般表明已排净。人绒毛膜促性腺激素在妊娠期间会显著升高，流产后会逐渐下降，通过监测其变化可辅助判断流产是否完全。
三、体格检查：可通过腹部触诊、视诊等方式来进行。如果腹部没有明显的残留组织，且未出现明显的疼痛和阴道出血症状，通常说明已排净。腹部触诊可大致了解子宫的大小、质地等，视诊可观察腹部外观有无异常。
此外，还可通过阴道分泌物检查、子宫输卵管造影等方式来判断。自然流产后，患者要多注意休息，避免剧烈活动，同时要避免食用辛辣刺激和寒凉的食物，如辣椒、雪糕等。若出现不适症状，应及时到正规医院就诊，以免延误病情。总之，通过多种检查方法的综合判断，能较为准确地确定自然流产是否流干净。