黄体功能不全可能由多种原因引起。一般来说，内分泌失调是常见因素之一，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能紊乱，可能导致黄体生成素、促卵泡生成素等分泌异常，影响黄体的正常发育和功能，有研究表明约30% - 40%的黄体功能不全与内分泌调节异常相关。
内分泌因素方面
下丘脑 - 垂体功能异常：下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）分泌失调，或者垂体分泌的促黄体生成素（LH）、促卵泡生成素（FSH）水平异常，都会干扰黄体的形成和维持。例如，当FSH分泌不足时，卵泡发育不良，进而影响黄体的正常功能。卵巢因素：卵巢本身的问题也会导致黄体功能不全。比如卵巢存在多囊卵巢综合征等疾病时，会影响卵泡的正常发育和排卵，从而影响黄体的形成。另外，卵巢储备功能下降的女性，随着年龄增长（尤其是35岁以上女性），卵巢内卵泡数量和质量下降，也容易出现黄体功能不全的情况。
子宫内膜因素
子宫内膜受体异常：子宫内膜对孕激素的反应性降低，即使黄体分泌了正常量的孕激素，子宫内膜也不能做出正常的分泌期变化，从而影响胚胎着床和维持妊娠。这种受体异常可能是由于子宫内膜局部的一些细胞因子、激素受体基因等发生改变导致的。子宫内膜炎症：子宫内膜存在慢性炎症时，会影响子宫内膜的容受性，干扰黄体分泌的孕激素对子宫内膜的作用，进而影响黄体功能的正常发挥。例如，一些宫腔操作后引发的子宫内膜炎症，可能增加黄体功能不全的发生风险。
其他因素
生活方式影响：长期的精神压力过大、过度劳累等不良生活方式也可能影响黄体功能。精神压力会通过神经内分泌系统影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，导致激素分泌紊乱，进而影响黄体。比如长期处于高强度工作压力下的女性，黄体功能不全的发生率可能相对较高。药物影响：某些药物的使用也可能干扰黄体功能。例如长期使用一些影响激素代谢的药物，可能会打乱内分泌平衡，间接影响黄体的正常功能，但这种情况相对较少见，不过在用药过程中也需要关注对黄体功能的影响。