黄体功能不全可能与多种因素有关。一般来说，内分泌失调是常见原因之一，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能紊乱，可能导致黄体生成素、促卵泡生成素等激素分泌异常，影响黄体的正常发育和功能。另外，子宫内膜异位症患者发生黄体功能不全的几率相对较高，有研究发现约有一定比例（具体比例可能因研究而异）的子宫内膜异位症患者存在黄体功能不全情况。还有一些全身性疾病也可能引发，像甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌异常会干扰生殖内分泌系统，进而影响黄体功能。
内分泌因素影响
下丘脑 - 垂体功能异常：下丘脑分泌的促性腺激素释放激素以及垂体分泌的促黄体生成素、促卵泡生成素等激素的分泌量或节律出现异常时，会影响黄体的形成和功能。例如，当促黄体生成素峰值不足时，就难以促使黄体正常发育。卵巢本身问题：卵巢内的卵泡发育不良，会使得排卵后形成的黄体质量不佳。比如卵泡期过长，卵泡发育迟缓，那么黄体形成后其功能也容易出现异常。
子宫内膜异位症关联
病灶影响激素环境：子宫内膜异位症病灶会改变盆腔内的微环境，影响局部的激素水平和免疫状态。这种异常环境会干扰黄体对孕激素的分泌等功能，导致黄体功能不全发生。炎症反应干扰：病灶周围的炎症反应会释放一些炎症介质，这些介质可能影响黄体细胞的正常代谢和功能，使得黄体不能正常发挥维持妊娠等作用。
全身性疾病相关
甲状腺功能减退：甲状腺激素对身体的代谢、生殖等多个系统都有重要调节作用。当甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常运转，进而影响黄体的功能，导致黄体分泌孕激素不足等黄体功能不全的表现。高泌乳素血症：体内泌乳素水平过高时，会抑制促性腺激素的分泌，从而影响卵巢的排卵和黄体形成，引发黄体功能不全。比如一些垂体疾病可能导致高泌乳素血症。