肛门肿痛的原因有多种。比如常见的痔疮，尤其是血栓性外痔，会导致肛门突然肿痛，疼痛较为剧烈，有时能摸到肛门处有暗紫色的肿物。
痔疮引发的肛门肿痛
内痔脱出嵌顿： 当内痔脱出肛门外无法回纳时，会引起局部血液循环障碍，导致肛门肿痛，还可能伴有便血等症状。一般内痔脱出后若不能及时复位，肿痛会逐渐加重。外痔炎症： 外痔受到刺激发炎时，会出现肛门肿痛，触摸时能感觉到肛门周围有肿物，且有压痛感。
肛周脓肿导致的肛门肿痛
肛腺感染引起： 肛腺感染后向周围组织蔓延，形成肛周脓肿，会出现持续的肛门肿痛，而且肿痛会逐渐加重，局部皮肤还可能发红、发热。脓肿较大时，疼痛会更加剧烈，患者坐立不安。位置较深的肛周脓肿： 有时脓肿位置较深，外观可能不太明显，但肛门肿痛明显，伴有发热等全身症状，体温可能会升高到38℃以上。
肛裂造成的肛门肿痛
排便时引发： 肛裂患者在排便时，粪便刺激裂口会导致肛门剧烈疼痛，排便后疼痛会有短暂缓解，但随后又会因括约肌痉挛而再次出现较长时间的肿痛，疼痛可能会持续数小时。慢性肛裂： 慢性肛裂会使肛门周围组织纤维化，肿痛相对较为持续，还可能伴有便秘等情况，粪便干结会加重肛裂和肿痛。
肠道炎症相关的肛门肿痛
溃疡性结肠炎： 病情活动时，除了肠道内的症状如腹泻、腹痛外，也可能累及肛门周围，导致肛门肿痛，同时可能伴有肛门坠胀感。克罗恩病： 病变累及肛门直肠时，会出现肛门肿痛、溃疡、瘘管等情况，病程较长，容易反复发作。