三个月婴儿总揉眼睛可能由以下原因引起：
1.倒睫：婴儿的睫毛可能会向内生长，刺激眼睛，导致揉眼睛。这种情况通常会随着婴儿的成长而改善。
2.过敏：婴儿可能对空气中的花粉、灰尘或宠物毛发等过敏，导致眼睛瘙痒和揉眼睛。
3.感染：细菌、病毒或真菌感染眼睛可能导致炎症和疼痛，从而引起揉眼睛。常见的感染包括结膜炎和角膜炎。
4.干燥：空气干燥或长时间暴露在空调环境中可能导致眼睛干燥和不适，促使婴儿揉眼睛。
5.异物进入：灰尘、毛发或其他异物进入眼睛可能引起刺激和揉眼睛。
6.眼部不适：婴儿可能有先天性的眼部问题，如先天性青光眼或白内障，导致眼睛不适而揉眼睛。
7.皮肤问题：婴儿的面部皮肤可能有湿疹或其他皮肤疾病，导致瘙痒和揉眼睛。
8.情绪因素：婴儿可能通过揉眼睛来表达不适、困倦或无聊等情绪。
如果婴儿经常揉眼睛，并且这种情况持续时间较长或伴有其他症状，如发红、流泪、分泌物增多、眼睛肿胀等，建议及时咨询医生。医生会进行详细的眼部检查，确定具体原因，并给出相应的治疗建议。
在等待看医生的期间，可以尝试以下方法来缓解婴儿的不适：
1.保持婴儿的手部清洁，以减少感染的风险。
2.使用生理盐水或医生推荐的眼部清洁液清洁婴儿的眼睛。
3.确保婴儿的生活环境清洁、湿润，避免过敏原。
4.注意观察婴儿的情况，确保没有其他异常。
需要注意的是，对于婴儿的健康问题，最好由专业的医生进行评估和诊断。如果对婴儿的揉眼睛问题有任何疑虑，应及时咨询医生的意见。