孩子总是半夜咳嗽一阵，可能与过敏、下呼吸道感染或胃食管反流有关，其治疗需依据病因进行处理。
一、过敏：若孩子所处环境中有较多毛发，如动物毛发等，而孩子对其过敏，就容易因过敏引发咳嗽、流鼻涕、鼻塞等症状。治疗上可服用氯雷他定等抗组胺药物。过敏是由于过敏原刺激机体导致的变态反应，当孩子接触到过敏原后，免疫系统会产生一系列反应，进而出现相应症状。
二、下呼吸道感染：当下呼吸道受到感染时，晚上迷走神经张力通常会升高，致使痰液分泌物增多，孩子就可能因受到刺激而在半夜咳嗽，且咳嗽时常伴有痰声。治疗主要是进行抗感染处理，若为病毒感染引起，可服用利巴韦林治疗。下呼吸道感染包括多种类型，如支气管炎、肺炎等，不同感染的病因和表现会有所差异。
三、胃食管反流：这种情况多发生在幼儿身上，特别是刚忌奶不久的幼儿，容易出现胃食管反流从而引发咳嗽，还会伴有呕吐、咳痰等症状。治疗可服用抑制胃酸的药物，如奥美拉唑等。胃食管反流是由于胃内容物反流至食管甚至咽部等部位导致的，幼儿的消化系统发育尚未完善，更容易出现这种情况。
总之，当孩子半夜总是咳嗽时，应根据具体情况明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，平时夜里睡觉时要注意做好局部保暖工作。